隨著人們對食品安全的重視，殺菌鍋的應用范圍也越來越廣泛，那殺菌鍋在殺菌過程中是怎么進行殺菌的呢？
早期的殺菌鍋是單一的一個密閉性的罐體，通過罐內加水或者進入高溫蒸汽，來對罐內食品進行簡單的100℃高溫蒸煮；這種方法雖然能殺死絕大部分細菌和微生物，但是當有大量芽孢桿菌時，這種低溫滅菌方法是不安全的，并且長時間與高溫水接觸和蒸煮會嚴重破壞食品原有的口感和營養成分的流失；所以食品殺菌必須講究高效率，且必須一次完成。
所謂“雙層噴淋式殺菌鍋”，就是分上下兩個罐，上罐是預熱水罐，下罐是殺菌罐，上罐可以進行殺菌水預熱工作，預熱完成后直接進入下罐噴淋管道，再通過噴淋嘴將熱水映射出霧狀，均勻的噴淋在產品上，到達殺菌時間后再由循環泵將熱水回收到上罐，以備下次殺菌使用。
這種方法能有效保留食品原有的口感，不會造成蛋白質等營養成分的流失，并且上罐預熱水的設計會使殺菌更加高效直接，避免了早期高溫水對食品蒸煮造成的外觀破壞等弊端。